神奇校车·动画版”包括《深入火山》、《蛋糕的秘密》、《有趣的食物链》、《腐烂小分队》、《点亮彩虹》、《星星诞生记》、《与病菌作战》、《种子的奥秘》、《气象超人》、《把热留住》十本，能随意变换的神奇校车在这些书里变成了滑板、潜水艇、喷壶，甚至还变成了搅拌器……它带着同学们去了好多不可思议的地方，让他们切身体验科学知识的奥妙。
★《与病菌作战》：拉尔夫生病了，神奇校车居然带我们进入了他的身体，我们观看了一场人体和病菌的大战！

 神奇校车第二辑为动画版，是根据神奇校车科普动画片改编而来，相比“神奇校车·图画版”的“面面俱到”，第二辑选取的主题更具体，是打开科学启蒙的大门后，看到一处风景，前去细细观赏。同时并没有用丰富图画细致展示文字中的知识、情节，而是趋向简约，反而是故事更富戏剧性，更夸张，也更紧凑，因为这辑的读者对象是更大些的孩子，他们可以在已有知识基础上，独立阅读。就连灵魂人物卷毛老师都不再时时引导，而是让孩子们自行积极探索和发挥作用。
“神奇校车·动画版”依然在一次次的神奇旅程中展开，鬼马乐观的卷毛老师不断鼓舞着渴求知识的心灵，不但让同学们学到各种各样的科学知识，也让他们明白了很多道理！